实验室简介
王曦团队的研究领域为生殖系统生物学，方向为配子发生和早期胚胎发育中的基因表达调控和细胞命运决定。团队利用高通量测序、单细胞多组学、生物信息学等技术手段，研究全基因组尺度上的分子调控机制；同时开展生物信息学、生物医学大数据的算法开发，以及临床转化研究等工作。
研发的软件工具包括：
RPBPBR: Retrieving Polylox Barcodes from PacBio Reads
FuLeTA: Toolkit for Full-Length Transcriptome Annotation Analysis
CAPTRE: cap profiling for translational efficiency
SeqGSEA: Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) of RNA-Seq Data
SeqSite: Seeking TF binding sites from ChIP-seq data
SeqSaw: Short spliced read mapping tool
DEGseq: Identify Differentially Expressed Genes from RNA-seq data
哺乳动物卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的poly(A)加尾图谱及其介导的基因表达调控机制
哺乳动物在卵母细胞成熟到早期胚胎发育过程中，母源RNA的转录后调控和受精后的合子基因组激活都至关重要。转录本poly(A)加尾位点的选择和poly(A)长度的变化与转录相关联，又调控着RNA的降解和翻译，但目前仍然缺乏卵母细胞成熟到早期胚胎发育全过程的poly(A)加尾图谱。因此，本项目将围绕poly(A)加尾图谱，展开如下研究。（1）发展高通量、单细胞级、含poly(A)尾的长读段转录组测序技术，绘制小鼠卵母细胞成熟到早期胚胎发育中poly(A)加尾动态图谱；（2）构建关键poly(A)加尾酶或poly(A)结合蛋白敲除小鼠，对比研究关键蛋白缺失在早期胚胎发育中的影响及其分子机制；（3）鉴定高龄小鼠卵母细胞中poly(A)加尾异常基因的及其成因和影响，探究人类高龄备孕中卵母细胞及早期胚胎发育的分子特性。本项目拟通过以上研究深入理解poly(A)加尾介导的卵母细胞成熟及早期胚胎发育中重要生理过程的分子机制，为攻克人类相关疾病打下理论基础。